Los puntos de corte de las enzimas de restricción
pueden ser empleados como marcadores para la elaboración de mapas de
restricción. Para elaborar un mapa de restricción, se tiñen los fragmentos
resultantes de la lisis y se los separa mediante una electroforesis PAGE
(Electroforesis en gel de poliacrilamida) y se establecen las distancias de
migración, siendo los resultados muy específicos para cada molécula de DNA en
estudio.
Los extremos cohesivos son los más empleados en la
construcción de DNA recombinante, puesto que al tener una porción lineal
"pegajosa" es más sencillo que se produzca la unión con el DNA del
hospedero, por complementación de bases, dicha unión se produce por la
intervención de enzimas denominadas ligasas. Adicionalmente, la enzima
transferasa terminal puede ser usada para generar extremos cohesivos en un fragmento
de DNA. A pesar de ser más difícil, también es posible realizar uniones de
extremos romos, mediante la adición de conectores sintéticos de DNA que actúan
a manera de extremos cohesivos (como el caso de la transferasa terminal), sin
embargo este procedimiento no es de mucha utilidad para realizar una clonación
directa de DNA.
Existe otro tipo de enzimas de restricción de doble función, denominadas endo–exonucleasas, las cuales son capaces tanto de añadir nucleótidos como de removerlos de una hebra de DNA. Estas enzimas también son muy específicas y reconocen secuencias exactas, plantea que las enzimas de restricción del tipo endo–exonucleasas pueden tener un papel fundamental en la reparación del DNA y/o en la muerte de células defectuosas, gracias a la especificidad de la enzima. Se han hecho numerosos experimentos con endo–exonucleasas aisladas de E. coli, Neurospora crassa, Aspergillus nidulans, mitocondrias de Saccharomyces cerevisiae, Drosophila melanogaster, células de mono y células leucémicas de humano.
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